Gustavo Cerati conoció a su segunda esposa, Cecilia Amenábar, en 1987, cuando ella todavía era una adolescente.

El músico quedó impactado con la belleza y onda de la chilena, y el romance fue a primera vista. Se casaron en Santiago en 1992 (Cecilia tenía sólo 19 años), en una ceremonia efectuada en el Club de Polo de Vitacura y a la que fueron invitados los integrantes de Soda y varias personalidades del mundillo alternativo y de la socialité de ese entonces.

Así, la taquillera dupla se radica en Santiago. Cecilia ya estaba esperando a su primer hijo, Benito, y, mientras vivían en un departamento en El Golf, el músico compuso con sus equipos instalados en su living los temas de su primer disco solista "Amor amarillo". Ese trabajo fue dedicado a su mujer y su hijo en gestación, siendo presentados los tres en el video del single "Te llevo para que me lleves".

Cerati y Amenábar estuvieron casados hasta el 2002, año en el que Gustavo comenzó un romance con la modelo argentina Deborah de Corral, ex pareja de Charly Alberti, baterista de Soda Stereo. Duraron algunos años hasta que su romance tomó caminos separados.

En el 2005 el músico conoció a la vestuarista Sofía Medrano, amor que duró un par de años. En el 2008 partió un romance de un año con la joven actriz Leonora Balcarce. Cómo acabó eso... Al ladito le contamos.